Организуется органами государственной власти субъектов Российской Федерации в сфере образования и проводится в январе - феврале. Участие могут принимать учащиеся 9-11 классов образовательных учреждений, ставшие победителями и призёрами предыдущего этапа, победители школьного этапа Олимпиады текущего учебного года из числа обучающихся образовательных организаций Российской Федерации, расположенных за пределами территории Российской Федерации, либо на территории военных городков и гарнизонов, расположенных в труднодоступных местностях, а также победители и призёры регионального этапа предыдущего учебного года, если они продолжают обучение в образовательных организациях.
Региональный этап проводится по олимпиадным заданиям, разработанным центральной предметно-методической комиссией Олимпиады.